La Maestría en Historia es un programa académico que ofrece profundizar en los estudios emprendidos por otros estudiosos, proponer y desarrollar nuevas líneas de investigación histórica y conformar una comunidad de historiadores que compartan el interés por estudiar y explicar la rica y compleja historia de Guatemala. Es una maestría en ciencias por lo que requiere elaborar una investigación de tesis como requisito de graduación. El programa está dirigido fundamentalmente a historiadores de Guatemala y la región. No obstante, estará abierto para profesionales de otras disciplinas interesados en actualizar sus conocimientos sobre la historia y especializarse en un campo de estudio que integre su disciplina con la historia a través de la investigación. El programa pone especial énfasis en la investigación como forma de generar conocimiento. El área de investigación comprende las diversas etapas del proceso de elaboración del trabajo de tesis que se desarrolla a lo largo de cinco semestres y comprende cuatro seminarios de investigación, que finalizan con la entrega del borrador de la tesis y un semestre más para entrega del texto final y su defensa
Misión: En su carácter de única universidad estatal le corresponde con exclusividad dirigir, organizar y desarrollar la educación superior del estado y la educación estatal, así como la difusión de la cultura en todas sus manifestaciones. Promoverá por todos los medios a su alcance la investigación en todas las esferas del saber humano y cooperará al estudio y solución de los problemas nacionales. Visión: La Universidad de San Carlos de Guatemala es la institución de educación superior estatal, autónoma, con cultura democrática, con enfoque multi e intercultural, vinculada y comprometida con el desarrollo científico, social, humanista y ambiental, con una gestión actualizada, dinámica, efectiva y con recursos óptimamente utilizados, para alcanzar sus fines y objetivos, formadora de profesionales con principios éticos y excelencia académica.